سکینه در پنجم ماه ربیع الاول سال 117 در مدینه درگذشت خلیفه در شام هشام بن عبدالملک بود و حاکم مدینه ابن مطیر، خالد بن عبدالملک بن الحارث بن حکم. پس از درگذشت سکینه حاکم مدینه پیام داد که او را دفن نکنید تا بر او نماز بخوانم و پیش از ظهر از مدینه خارج و به جنگل های اطراف رفت نماز ظهر خوانده شد نیامد، نماز مغرب را خواندن، وی نیامد جنازه را در بقیع قرار داده بودند که بر اثر گرما نگران بودند که جسد دچار بوی بد شود از این رو خواسته شد که عود و بخور در کنار جنازه او دود کنند. محمد بن عبداللّه پسر خواهرش فاطمه دختر امام حسین(ع)، سی دینار بخور خرید و در کنار نعش دود کردند بعد از نماز عشا حاکم مدینه آمد و به شیبة بن نصاح دستور داد بر جنازه نماز بخواند.(36) این نشانه کینه وی نسبت به جناب سکینه است که به عمد این گونه عمل کرد تا از وی انتقام بگیرد. زیرا در برابر سب علی(ع)، با شجاعت و بدون ترس و هراس از حکام ستمگر اموی مروانی او را سب می کرد. برخی نیز گفته اند وقتی که سکینه با اصبغ بن عبدالعزیز بن مروان که در مصر بود ازدواج کرد و از مدینه به طرف مصر حرکت کرد و در دمشق درگذشت.(37) از این رو در قبرستان باب الصغیر، قبری منسوب به سکینه است ولی قول اول درست می باشد. رحمت خدا بر او باد.